實驗一：探究共培養條件分泌組是否有變化即細胞A和細胞B在共培養條件下其各自分泌組是否受到影響（暫且不討論誰對誰的影響）。
設計實驗：
1.使用Transwell培養技術，上層培養細胞A（細胞數設置為1*10^5個 <舉例>）下層培養細胞B（細胞數設置為2*10^5個 <舉例>）共培養h小時，從培養液中提取分泌蛋白（記為蛋白ⅰ）。

Transwell  1
2.相同培養條件 （培養基含量，細胞數，培養時間，溫度等）設置兩個Transwell：⑴上層培養細胞A（細胞數設置為1*10^5個 <舉例>）下層不放置細胞，⑵上層不放置細胞，下層培養細胞B（細胞數設置為2*10^5個 <舉例>），培養h小時，從培養液中提取分泌蛋白（記為蛋白ⅱ）。

Transwell 2-⑴                Transwell 2-⑵
3.質譜分析蛋白ⅰ和蛋白ⅱ的差別，初步分析共培養條件下分泌組是否影響。
4.置換細胞A ，細胞B培養的上下層條件，相同方法培養細胞，打質譜分析蛋白，分析結果是否與實驗一有差別，進一步分析原因。

總結：該方法盡可能的同一了共培養和單獨培養的差異，即排除了其他影響條件，只對比在共培養和單獨培養條件下分泌組的變化 ，從而為得到可信數據提供了條件，對照分析了在共培養條件下與單獨培養條件下分泌組的變化情況。缺點：由于細胞均未標記，即便結果顯示共培養和單獨培養分泌組確實有變化，仍無法得出兩種細胞誰影響誰，由此，可利用標記培養基的方法，繼續優化實驗。
實驗二：優化設計，將單獨培養的細胞A培養基用Leud-d₃ 標記，細胞B用Lys-C₁₃ 標記，而對共同培養的Transwell不做任何標記。如圖所示：
 
Transwell 1
 
Transwell 2-⑴                  Transwell 2-⑵
同實驗一，經過相同條件的培養，提取分泌組，質譜分析（另做A  B細胞上下層交換的實驗），對比單獨培養并分別標記與共培養但不標記條件下分泌組的變化，從而得到兩種細胞在共培養條件下是否影響彼此分泌組的變化，并且可以得出是誰影響誰，還是兩種細胞都有影響。